בתוך התחום המיקרוסקופי של המעבדה וההגדרות התפעוליות המורכבות של הפרקטיקה הרפואית, פיפטת פסטר משמשת כ"עוזר זעיר" מסור בשקט. למרות צורתו הדקה, הוא ממלא תפקיד הכרחי בתהליכים קריטיים-כגון טיפול בדגימות והעברת נוזלים-מעניק דיוק ואמינות לביצוע חלק של מחקר מדעי ועבודה רפואית.
במעבדות ביולוגיות, פיפטת פסטר עומדת ככלי שלא יסולא בפז למשימות החל מתרבית תאים ועד ניתוח מיקרוביאלי.
בעת ביצוע תת-תרבות תאים, החוקרים חייבים להעביר תאים מבקבוקי התרבית המקוריים שלהם לתאים חדשים.
ממנפת את יכולות הטיפול המדויקות של-הנוזל, הפיפטה של פסטר מאפשרת שאיפה זהירה של תאים-המכילים מדיית תרבית-ובכך למנוע נזק לתאים-לפני העברתם במדויק לסביבת תרבית חדשה, ובכך מטפחת תנאים אופטימליים לצמיחת תאים ולהתרבות.
בתחום של ניתוח מיקרוביאלי, פיפטות פסטר משמשות לשאיבת פתרונות מדגם עבור הליכים כגון דילול וחיסון.
בעת בדיקת תכולת החיידקים של דגימות מים, משתמשים בפיפטת פסטר כדי לדלל את הדגימה באופן סדרתי; לאחר מכן דגימות ברמות דילול שונות מחוסנות על מצע תרבות כדי לאפשר ספירת חיידקים מדויקת, ובכך לספק נתונים אמינים להערכת איכות המים.
פיפטות פסטר ממלאות תפקיד חיוני גם במעבדות כימיות. בעת הכנה והעברת תמיסות, הם מאפשרים שאיבה וניפוק מדויקים של ריאגנטים כימיים שונים.
עבור ניסויים עם דרישות ריכוז מחמירות ביותר-כגון ניסויי ניתוח כמותי בכימיה אנליטית-הדיוק של פיפטת פסטר מבטיח את הדיוק והאמינות של תוצאות הניסוי.
יתר על כן, בניסויים כגון ניתוח כרומטוגרפי, פיפטות פסטר משמשות לשרטוט פתרונות מדגם להזרקה, ובכך להבטיח את האחידות והיציבות של הדגימות.