עקרון העבודה של פיפטת פסטר מבוסס בעיקר על זרימה מונעת-בכוח הכבידה ופעולה נימית, בשילוב עם שליטה ידנית של הפרשי לחץ אוויר כדי להקל על השאיבה וההעברה של נוזלים.
בקרת יניקה ידנית: המפעיל מפעיל יניקה על הקצה הרחב של הפיפטה-בעל פה או באמצעות נורת גומי עזר-כדי ליצור לחץ שלילי בתוך הצינור, ובכך מושך נוזל לתוך הקצה העדין.
גרביטציה-מונעת: לאחר שחרור היניקה, הנוזל זורם החוצה באופן טבעי בהשפעת כוח הכבידה; ניתן לסייע בחלוקה גם על ידי סחיטה עדינה של גוף הפיפטה או הטיית הכלי הקולט.
יכולת שחזור טיפות: על ידי כיול היחס של "טיפות למיליליטר", הפיפטה מאפשרת העברה כמותית משוערת, מה שהופך אותה למתאימה להליכים הדורשים חזרה ולא דיוק מוחלט.
הבטחת סטריליות: לפני השימוש, ניתן להכניס פקק כותנה לקצה הרחב ולעקר כדי למנוע זיהום מיקרוביאלי במהלך הטיפול-פרקטיקה שכיחה במיוחד בניסויים מיקרוביולוגיים.